Faculteit BIW > Doctorandi > Archief doctoraatsaankondigingen > Doctorandus Rashmi REKHA HAZARIKA

Rashmi REKHA HAZARIKA

Function and evolution of plant peptides and protein interactions

woensdag 06 december 2017 om 10.00 uur
Aula van de Tweede Hoofdwet, 01.02, Thermotechnisch Instituut, Kasteelpark Arenberg 41, 3001 Heverlee

Wetenschappelijke context van het proefschrift

In de afgelopen decennia is het genoom van Arabidopsis thaliana gesequenced en geannoteerd met eiwitcoderende genen, niet-coderende genen, promotergebieden, enz. Bovendien zijn de moleculaire en fysiologische functies in kaart gebracht via experimentele en computationele methoden en zijn ze opgeslagen in verschillende Arabidopsis specifieke databases. Korte peptiden zijn echter vooral genegeerd in de annotatie-inspanningen van het genoom, voornamelijk vanwege hun kleine omvang en lage signaal / ruis-verhoudingen. Functionele annotatie van deze peptiden heeft zeer weinig aandacht gekregen vanwege een gebrek aan standaardmethoden. Bovendien is de specifieke functie van individuele leden van plantentranscriptiefactoren zoals MADS-domein en AT-Hook-motief die nucleair gelocaliseerde (AHL) -eiwitten bevatten, niet goed bekend. In dit proefschrift ontwikkelen we methoden om korte plant peptiden te annoteren die worden veroorzaakt door oxidatieve stress. We hebben ook geprobeerd te begrijpen hoe specifieke functies van het MADS-domein van de transcriptiefactor van de plant zich ontwikkelden na het dupliceren van hele genomen (WGD's). Onze bevindingen werpen licht op de impact van WGD's en elementaire processen die betrokken zijn bij de netwerkevolutie van MADS-domeineiwitten in planten. Daarnaast hebben we de divergentie van genexpressie van de AHL-genfamilie bestudeerd tussen leden van monocarpische en polycarpische soorten die aanzienlijke verschillen vertonen in levenscyclus en groeihabitat.

Over the past decades, the Arabidopsis thaliana genome has been sequenced and annotated with protein coding genes, non-coding genes, promoter regions, etc. In addition, the molecular and physiological functions have been charted through experimental and computational methods and are stored in several Arabidopsis specific databases. However, short peptides have primarily been ignored in the genome annotation efforts mainly owing to their small size and low signal to noise ratios. Functional annotation of these peptides has received very little attention due to a lack of standard methods. In addition, the specific function of individual members of plant transcription factors such as MADS domain and AT-Hook motif containing nuclear-localized (AHL) proteins is not well known. In this thesis, we develop methods to annotate short plant peptides that are induced by oxidative stress. We also tried to understand how specific functions of the plant transcription factor MADS domain evolved after whole genome duplications (WGDs). Our findings throw light on the impact of WGDs and elementary processes involved in network evolution of MADS domain proteins in plants. Additionally we studied the gene expression divergence of the AHL gene family between members of monocarpic and polycarpic species which exhibit considerable differences in life-cycle and growth habitat.

Promotor(en)

Prof. V. van Noort, Departement Microbiële en moleculaire systemen (M²S).

Leden van de examencommissie

Prof. P. Goos, Departement Biosystemen (BIOSYST), voorzitter.
Prof. F. Rolland, Departement Biologie.
Prof. S. Carpentier, Departement Biosystemen (BIOSYST).
Prof. R. Jelier, Departement Microbiële en moleculaire systemen (M²S).
Prof. K. Gevaert, VIB Medical Biotechnology Center.

Het proefschrift (1474) ligt ter inzage in de Campusbibliotheek Arenberg, de Croylaan 6, 3001 Heverlee.

Telefoon Promotor(en)

Prof. Vera van Noort, tel.: +32 16 37 92 16